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和张居正讨论后，朱翊钧又将缅甸糜烂的报告付廷议。在朝廷上下讨论期间，朱翊钧又连着两天到武学讨论如何出兵事宜。
在军机处的讨论，一是决定是否使用京营，这一条在朱翊钧的力主之下，逐渐达成一致；二是派兵的规模、路线和后勤保障。
云南在帝国极西之地，进出全无通途，尽数为险隘山路。自京师而至滇，五千余里。若按走一段运河到湖广，再穿越贵州至云南这条路线；或由湖广进四川再到云南的路线，大概要走小半年。先不说人受不受得了，光是这一路上的花费和粮秣支应，就会给地方带来极大负担。
为了解决京营入滇问题，武学后勤系两年来投入大量精力对全国各地粮秣的转运研究终于结出了硕果。刘应节组织教授和熟悉各地地理的教员，对于此次进兵路线制定了新方案：先从天津坐运粮的漕船，沿海直放松江。
中途设两处补给点，分别为登州、海州，待到达松江后，由地方支应粮草和船只，沿长江溯流而上，到达洞庭湖。
过了洞庭湖，再走一段沅江，即可到贵州境内。到达贵州之后，能走水路的尽量再走一段水路，不能走水路的只好步行。
这一方案比通过运河、江运并走大段山路要好的多，获得了与会人士一致好评。
但因为沅江上游辰江府再往西，水势落差极大，基本无法行船。且进入了土、汉杂居之地，要经过十多个土司的地界，粮秣问题难以解决。因此朝廷要提前下旨到贵州宣慰司，令各府提前做好支应准备。
朱翊钧见刘应节领导的后勤系方案做的面面俱到，心中甚喜。点评这一方案为“独出机杼”，给予了赏赐表彰。
解决了行军路线和后勤问题，还要解决水土不服和瘴疠伤人的问题。在这方面，京师医学院派上了大用处。
在医学进步方面，在医学院成立后，朱翊钧直接指明了多条研究路径。其一是研究微生物引发疾病的方向；其二是利用解剖学研究病理的方向；其三是讲卫生、消杀等护理学方向。
在疫情防控方面，首重微生物研究。而这一研究首先要有高透明度的玻璃磨制镜片来制作显微镜。
万历元年年底，候姓匠人发明吹筒法制作平板玻璃，曾获得朱翊钧亲笔题字并赏银二百两。这一事件，把大明玻璃匠人的积极性刺激到了不可思议的程度。
因为玻璃的生产制造不太需要其他产业的配套，因此在高额悬赏下发展的很快。
张鲸接到朱翊钧制造铅玻璃的任务后，先后发出悬赏计六千两白银，鼓励内府工匠进行玻璃的工艺创新；在万历二年上半年，他又成立了专门的实验室，来试验皇帝的各种想法。
短短三年，实验室把平板玻璃制取由吹筒法而改进到平板法；随后因为烧炭价格高昂，又改进了燃料，用煤来制取焦炭来烧制玻璃。
但焦炭烧制的玻璃一直有些发黑，这困扰了实验室的工匠们很长时间。按照皇帝的指示，也依据中华民族炼金术传统，工匠们试着往
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